西周时莒南地域属向国。东周时向国为莒国所灭，莒南地域属莒国。秦时随同莒国划入琅琊郡莒县。元时属山东东西道宣慰司益都路莒州莒县。明代莒南地域大部属山东布政司青州府莒州。 清代莒南地域多部属山东布政司沂州府莒州。民国时期，莒南地域随莒县和临沂县先后属岱南道、济宁道、琅琊道、山东省政府。

1940年3月，莒县抗日民主政府建立，莒南地域的大部属莒县抗日民主政府，西南部仍属临沂县第五区。5月，设莒县抗日民主政府莒南行署，在莒南地域代行莒县抗日民主政府职权。1941年1月1日，莒南县抗日民主政府建立，隶属于滨海区各县联合办事处。8月，隶属于滨海区专员公署.1950年4月，隶属于沂水行政督察专员公署。1953年8月，隶属于临沂专区。1968年3月，隶属于临沂地区革命委员会。1978年7月，隶属于临沂地区行政公署。1994年12月起, 隶属地级临沂市。莒南县现辖十字路1个街道、大店、板泉、坊前、文疃、洙边、筵宾、岭泉、石莲子、涝坡、道口、相沟、坪上、壮岗、团林、朱芦15个镇。